公開直後から都市伝説として語り継がれてきたのが、物語後半における「街の住民全員死亡説」だ。大津波が街を飲み込んだ後、風景は一変する。海の中に沈んだ街を船で進む宗介とポニョ。そこで出会う人々は、避難道具も持たず、なぜか全員が満面の笑みを浮かべて古代の海を船で旅している。パニックや悲嘆の色彩は、画面から完全に掃討されているのだ。
とりわけ示唆的なのが、高齢者施設「ひまわりの家」の描かれ方である。車椅子生活を余儀なくされていたおばあさんたちが、水中で車椅子を乗り捨て、少女のように走り回るシーン。これは物理的な回復なのだろうか。それとも肉体の束縛から解き放たれた「魂」の姿なのか。作中に登場する暗いトンネルは、日本の伝承における「あの世とこの世の境界」を強く喚起させる。宮崎駿監督が描いたのは、劇場用アニメーションの枠組みを借りた壮大な彼岸の風景だったのではないか。生死の境目が曖昧になった世界で、人々は穏やかなニルヴァーナ（解脱）を迎えているようにも映る。
