メガシンカポケモンを狙う上で、最も気になるのが「どれほどの確率で色違いに出会えるのか」という点です。『ポケモンGO』におけるメガレイドは、通常の野生出現と比較して極めて有利な出現確率が設定されています。
一般的な野生ポケモンの色違い出現率は約1/512（約0.2%）とされていますが、メガレイド撃破後のゲットチャレンジにおける色違い出現率は約1/64（約1.56%）まで引き上げられています。さらに、定期的に開催される「メガレイド・デイ」などの特定イベント期間中には、出現率が約1/10（約10%）まで跳ね上がるケースもあり、このタイミングこそが最大の狙い目です。
押さえておくべき仕様として、レイドバトル中はメガシンカしたボスの姿で戦いますが、勝利後の捕獲画面では「メガシンカ前のベース個体」として出現します。このゲットチャレンジ画面で色違いが出現すれば、その個体をメガシンカさせた際にも100%確実に色違いのメガシンカ姿へと変化します。
