Q1：「お体をご自愛ください」と助詞を「を」に変えれば日本語として正しくなりますか？
A1：助詞を「に」から「を」に変えても誤用であることに変わりはありません。「自愛」という言葉の中にすでに「（自分の）体を愛する」という意味が含まれているため、「体を体を愛する」という二重表現の構造はそのまま残ってしまいます。助詞を変えるのではなく、「お体を大切になさってください」と言い換えるか、単に「ご自愛ください」とするのが正しい用法です。
Q2：目上の人に対して「どうぞご自愛ください」と送るのはマナー違反になりませんか？
A2：マナー違反ではありません。「ご自愛」という言葉自体に尊敬の接頭辞「ご」が付いており、敬意が含まれています。ただし、「〜ください」という結びが命令調に感じられる懸念があるため、目上の相手には「どうぞご自愛くださいませ」「ご自愛専一にてお過ごしください」など、クッション言葉やより丁寧な語尾を添えて配慮を示すのが一般的です。
Q3：相手から「ご自愛ください」と結ばれたメールに「あなたもご自愛ください」と返信しても良いですか？
A3：失礼にはあたりませんが、「あなた」という二人称はビジネスシーンでは避けるべきです。「〇〇様におかれましても、どうぞご自愛くださいませ」や「〇〇様もくれぐれもお体をおいといください」のように、相手の役職や氏名を明記した上で気遣いを返すのが、洗練された大人のマナーです。
