入学時の偏差値水準と比較して、大学合格実績が際立って高い点も女子聖学院の大きな特徴です。学校が公表している直近の進路データや取材結果によると、卒業生の約8割以上が4年制大学へ現役進学を果たしています。
特に強みを持つのが、指定校推薦枠の豊富さです。プロテスタント系大学としてのパイプを生かした青山学院大学、立教大学、国際基督教大学（ICU）などのキリスト教同盟校への推薦枠をはじめ、早稲田大学、慶應義塾大学、上智大学、東京理科大学、さらには学習院・明治・中央・法政といったGMARCH各校の指定校枠が多数確保されています。
加えて、津田塾大学、東京女子大学、日本女子大学の「女子大御三家」や、聖路加国際大学をはじめとする看護・医療系大学への進学者が多いのも特徴です。国公立大・難関私大の一般選抜を目指す生徒向けの放課後講習や個別添削指導も充実しており、「推薦を狙う層」と「一般入試で上を目指す層」の双方が納得のいく進路選択を実現できる体制が整っています。
