サービスを運営する株式会社ドワンゴの技術陣にとって、事態は想定し得る最悪のシナリオだった。主力コンテンツであるニコニコ動画のみならず、リアルタイムの熱量を届けるニコニコ生放送までもが完全に機能を停止。長年蓄積されてきた動画データやコメントデータの安全確保が最優先課題となった。
同社のエンジニアは、二次被害を防ぐために物理的に回線を遮断する決断を下した。サーバー群の再構築は、単にバックアップを戻すだけでは済まない。汚染されたシステムを完全に隔離し、ゼロから安全なインフラを組み上げる途方もない作業が開始された。