南阿蘇鉄道を効率よく乗りこなす鍵は、朝時間帯に設定されているJR肥後大津駅への直通列車と、立野駅でのスムーズな乗り換え把握にあります。現在の南阿蘇鉄道 時刻表では、平日は通勤・通学需要を支えるダイヤ、土日祝日は観光客の動線に最適化されたダイヤが組まれています。
朝に運行される肥後大津直通列車（高森行き）を利用すれば、立野駅での乗り換えなしで高森駅までダイレクトにアクセスできます。熊本駅方面から訪れる場合、JR豊肥本線の普通列車や特急列車と肥後大津駅でスムーズに接続するため、乗り継ぎの手間が大幅に省けます。
直通列車以外の便を利用する場合は、JR豊肥本線と南阿蘇鉄道の接続拠点である立野駅での乗り換えが発生します。立野駅は地震後に機能的かつ開放的な新駅舎へと整備されており、同一コンコース内で分かりやすく乗り換えが可能です。ただし、山間部特有の天候変化や強風により徐行運転が発生する場合があるため、お出かけ前には南阿蘇鉄道 公式サイトで現在の運行状況をリアルタイムで確認しておくのが鉄則です。
