萬珍軒が誇るもうひとつの顔が、名古屋屈指の深夜営業店としての存在感です。営業時間は夕方17時30分から深夜2時まで（ラストオーダー深夜1時30分、日曜・第3月曜定休）となっており、夜が深まるにつれて熱気を帯びていきます。
特に金曜日や土曜日の21時以降から終電前後の時間帯は、仕事帰りや飲み会帰りのシメを求める客で長い列が形成されます。「飲んだ後のシメには萬珍軒の玉子とじしかない」と語る常連が多く、あの優しいスープがアルコールで疲れた胃に染み渡る快感は、一度体験すると病みつきになります。
行列を避けてスムーズに入店したい場合の狙い目は、開店直後の17時30分〜18時30分、または平日深夜24時以降です。店内はカウンター席やテーブル席を含めて約80席とキャパシティが大きく、スタッフの手際良いオペレーションによって回転率は高めですが、週末のピーク時は30分〜45分程度の待ち時間を想定しておくと安心です。
