総選挙による混乱と体調悪化を受け、2018年7月初旬、所属事務所は松井珠理奈の体調不良による活動休止（休養）を正式に発表しました。すべての活動をストップせざるを得ないほど、心身の消耗は深刻なレベルに達していたのです。
この休養に伴い、日韓合同オーディション番組としてアジア中で注目を集めていた『PRODUCE 48』からの辞退（降板）も決定しました。番組初期において圧倒的な存在感と実力を示し、上位クラスで好スタートを切っていただけに、日韓両国の視聴者に大きな衝撃を与えました。一方の宮脇咲良が同番組で最終2位に輝き、IZ*ONEのセンター格として世界へ羽ばたいていったドラマ性と対比され、松井珠理奈の戦線離脱はあまりにも痛ましい結末として記憶されることになります。
約2ヶ月半の療養期間を経て、同年9月に放送された『ミュージックステーション』にて待望の復帰を果たしました。総選挙の記念シングル『センチメンタルトレイン』は、彼女の不在中に絵コンテやCGを使った未完成版MVが先行公開されるという異例の対応が取られていましたが、復帰後に改めて松井珠理奈の歌唱・出演シーンを追加した完全版が制作され、ファンを安堵させました。
