スーパーの棚に並ぶアカシアやレンゲなどの一般的な蜂蜜と、ニュージーランドに自生するマヌカの木（学名：Leptospermum scoparium）の花蜜から採取されるマヌカハニー。両者の本質的な差異は、抗菌活性メカニズムの安定性に集約される。
一般的な精製・未精製はちみつにも、一定の殺菌作用や保湿作用が備わっている。これはミツバチが蜜を集める過程で分泌する酵素「グルコースオキシダーゼ」が糖を分解し、微量の過酸化水素（オキシドールと同成分）を生成するためだ。しかし、この過酸化水素は熱や光、そして人間の唾液や血液中に存在する酵素「カタラーゼ」によって容易に分解・失活してしまう弱点を持つ。そのため体内に取り込まれた際、長時間の抗菌作用を持続させることは難しいとされてきた。
対照的に、マヌカハニーにおいて発見された中核物質が食物性メチルグリオキサール（MGO：Methylglyoxal）だ。2000年代半ばにドイツのドレスデン工科大学のトーマス・ヘンレ教授らの研究グループによって特定されたこの成分は、一般的な蜂蜜には1kg中に約0〜10mg程度しか含まれない。一方で正規のマヌカハニーには1kgあたり100mg〜1,000mg超という圧倒的な濃度で宿っている。
最大の特長は、過酸化水素と異なり熱や体内酵素による分解を受けにくい（非過酸化水素活性：NPA）という性質だ。これにより、喉の粘膜や消化管内を通過する間も抗菌・抗炎症機能が損なわれにくく、局所でしっかり働き続ける。この生化学的なタフさこそが、ヘルスケア現場やアスリートのコンディショニングで重宝される根拠となっている。
