寺社巡りや御朱印集めを楽しむ参拝者にとって、出雲大社東京分祠の御朱印は見逃せないポイントです。授与所でいただける御朱印は、華美な限定装飾に頼らない、極めて清廉で厳かな佇まいが特徴です。
中央に大きく「出雲大社東京分祠」と力強く墨書きされ、出雲大社の神紋である「亀甲花菱（きっこうはなびし）」の朱印が堂々と押印されます。その凛とした筆致は、手にするだけで背筋が伸びるような神聖さを醸し出しています。
御朱印の初穂料は概ね300円〜500円程度となっており、持参した御朱印帳への直書き、または状況に応じてあらかじめ用意された書置きの和紙で受ける形となります。また、出雲大社オリジナルの御朱印帳も授与されているため、東京分祠への参拝を機に新しい御朱印巡りを始める参拝者も少なくありません。授与所は参拝時間に合わせて開いていますが、参拝を済ませた後に静かに申し出るのがマナーです。
