林家の家族構成は、林修氏、妻の裕子氏、そして長男の3人家族です。結婚から長い年月を経て、2016年頃に待望の男児が誕生しました。2018年に出演したバラエティ番組内で林氏自身が「実は2歳になる男の子がいる」と公表し、世間を驚かせた経緯があります。
2026年現在、息子の年齢は10歳（小学校4年生）を迎えています。気になる通学校については公表されていませんが、都内の名門私立小学校や国立大学附属小学校に通っている可能性が高いと囁かれています。
東大卒の論理派教育者である林氏ですが、自身の子育てにおいては「早期教育を無理強いしない」「本人が自発的に読書や探求を楽しむ環境を整える」という方針を貫いています。夫婦ともに高度な知性を持つ家庭環境の中で、子供の好奇心を最大限に伸ばす教育が実践されているようです。
