立教女学院小学校の大きな魅力の一つが、小・中・高の一貫教育と、その先にある立教大学への特別推薦枠です。小学校を卒業した児童のほぼ全員が併設の立教女学院中学校・高等学校へ内部進学します。
立教女学院は学校法人立教学院（立教大学・立教小学校などを運営）とは別法人ですが、緊密な協定校関係にあり、立教女学院高等学校の卒業生には学年の過半数以上（約50〜60%）に相当する立教大学への推薦進学枠が割り当てられています。希望者は高校での一定の学業成績と履修条件を満たすことで、立教大学の各学部へ進学可能です。
一方で、学校全体として生徒一人ひとりの進路希望を尊重する風土が根付いており、推薦枠を利用せず、他大学の国公立大学、早慶上智、私立医学部など難関大学へ一般受験でチャレンジする生徒も多数存在します。完全なエスカレーター校ではなく、自ら学ぶ力を伸ばす教育環境が整っている点も高評価を得ています。
