712年完成の『古事記』、720年完成の『日本書紀』。大和朝廷が国家の正統性を国内外に示すために編纂したこれら二大国家史書に、なぜ瀬織津姫の名は一文字も出てこないのでしょうか。朝廷自身が重用する大祓詞には筆頭神として明記していながら、記紀神話から徹底して除外された事実は、古代史最大のミステリーとされてきました。
歴史学者や宗教史研究者の分析によると、その背景には大和朝廷による王権強化と皇祖神体系の一元化という極めて政治的な意図が横たわっています。
7世紀後半から8世紀初頭、壬申の乱を経て即位した天武天皇、その意志を継いだ持統天皇、そして律令国家の設計者である藤原不比等らは、列島各地に割拠していた有力豪族たちを統治するため、共通の国家イデオロギーを必要としていました。それまで各地で個別に崇拝されていた多様な自然神、龍神、土着の太陽神や水神を、皇祖神である「天照大神」の傘下へと統合・再編する大事業が進められたのです。
当時の列島において、水運を支配する海部氏や物部氏系、あるいは東国や畿内の水神信仰ネットワークが崇めていた女神が瀬織津姫であったとみられています。民衆や豪族の間で絶大な信仰を集めていた強力な荒ぶる水神をそのまま正史の中心に据えてしまえば、天皇の祖先神たる天照大神の絶対性が揺らぎかねません。
そこで朝廷は、宗教儀礼としての浄化システム（大祓詞）には実用的な神として瀬織津姫の名を残しつつ、正統な王権の家系図を描く『古事記』『日本書紀』の神話体系からは巧妙にその名を消し去ったと推察されます。神仏習合期や後代の神道令によって、全国の瀬織津姫を祀る古社が祭神を宗像三女神（市杵島姫命など）や水波能売命（みづはのめのみこと）へと書き換えさせられた事例が多発したことも、この「神名の上書き＝封印」の歴史を物語っています。
