原作・アニメを通じて最大のボリュームを誇る傑作シリーズ「赤と黒のクラッシュ」において、水無怜奈は物語の中心軸を担いました。
杯戸中央病院に昏睡状態で入院していた彼女の意識回復を機に、コナンとFBI捜査官・赤井秀一は極秘裏に接触。彼女がCIAの潜入捜査官であることを突き止め、「組織に再潜入し、CIAの任務を優先しつつもFBIへ内部情報を流す」という危険極まりない司法取引（アライアンス）を結びました。
しかし、組織の冷徹な幹部ジンは彼女の復帰を完全には信じていませんでした。ジンから課された忠誠の証明、それは「赤井秀一を自らの手で呼び出し、射殺すること」でした。
来葉峠で行われた緊迫の対峙において、水無怜奈は赤井の頭部を撃ち抜いて車両ごと爆破炎上させます。一見すると完璧な暗殺劇でしたが、これはコナンと赤井が事前に仕組んだ「来葉峠の偽装工作」でした。楠田陸道の遺体を利用した巧妙な指紋トリックと空包・血糊のギミックにより、ジンたちの監視カメラ越しに見事な欺瞞を成功させ、彼女は再び組織の懐深くに潜り込むことに成功したのです。
