XIII機関は、強い心を持つ者がハートレス化した際に稀に生まれる抜け殻「ノーバディ」の中でも、強靭な精神と人の姿を保ち続けた特異な存在によって結成されました。当初、リーダーであるゼムナスはメンバーに対し「人の心の集合体であるキングダムハーツを完成させ、失われた心を取り戻して完全な人間になる」という目標を掲げていました。
しかし、この説明はメンバーを意のままに操るための大いなる欺瞞に過ぎませんでした。機関の真の目的は、マスター・ゼアノートの心を13人に植え付けて「13本の闇の器」へと仕立て上げ、7人の光の守護者と衝突させることで、究極の鍵「χブレード（キーブレード）」を新生させることにありました。
さらに残酷な事実として、「ノーバディには心がない」という大前提そのものがゼムナスによる嘘でした。たとえ身体を失っても、他者との交流や感情の積み重ねによってノーバディの器には自然と新たな心が芽生える性質を持っていたのです。この真実は、アクセルやロクサス、シオンが育んだ温かい絆の証明であると同時に、組織に利用され散っていった多くのメンバーの悲劇性を際立たせることとなりました。
