言葉遊びの枠を超え、古代史のミステリーとして知られるのが「ヘブライ語説（日ユ同祖論）」です。日本語の「かごめかごめ」の音を古代ヘブライ語に置き換えると、全く別の意味の祈祷文が浮かび上がると主張されます。
具体的には、「カゴ・メ（守護されよ）」「カゴ・メ（囲まれよ）」「ク・リ・ツァ・ル・ト・カ・メ（契約の箱を取り出せ）」「シャ・ロット（代わりにされた者）」といった音の類似から、古代イスラエルの「失われた十部族」が日本に伝えた契約の箱に関する伝承歌であるという説です。学術的な証拠には乏しいものの、オカルトファンの知的好奇心を刺激し続けています。
また、子どもの遊び歌自体が本来持っていた「降霊術」の要素を指摘する声も少なくありません。真ん中で目を覆ってしゃがみ込む姿勢は、巫女がトランス状態に入って神託を受ける際のポーズと酷似しています。「後ろの正面だあれ」と問うことで、背後に降りてきた神や霊、あるいは目に見えない存在を特定する儀式（神降ろし）だったのではないかという民俗学的な分析です。
