物語の中盤、観客に強烈な衝撃を与えたのが宮水三葉 死亡説 真相にまつわる描写でした。瀧が飛騨を訪れた際、糸守町は3年前の2013年10月4日、ティアマト彗星の破片直撃によって壊滅しており、犠牲者名簿には「宮水三葉」の名が確かに刻まれていました。当初の世界線において、三葉は秋祭りの夜に命を落としていたのが紛れもない事実です。
では、なぜ彼女は運命を覆すことができたのでしょうか。そこには複数の奇跡と必然が折り重なった糸守町 彗星 生き残り 経緯が存在します。
最大の転換点は、瀧が宮水神社の御神体へ赴き、三葉が過去に奉納した宮水神社 口噛み酒を口にした瞬間にあります。口噛み酒は「三葉の半分（魂と生命力）」そのものであり、時間を超えて三葉の身体へ再びダイブした瀧は、幼馴染の勅使河原克彦（テッシー）や名取早耶香（サヤちん）と協力し、町民を救うための避難作戦を企てます。
しかし、変電所の爆破や防災無線の電波ジャックによる避難誘導は途中で発覚し、作戦は頓挫しかけます。真の宮水三葉 生存理由を決定づけたのは、かたわれ時に瀧からすべてを託された三葉本人の強い意志でした。
三葉は、かつて対立し冷徹に町政を敷いていた父・宮水俊樹町長のもとへ直談判に向かいます。小説版『君の名は。 Another Side:Earthbound』で克明に明かされている通り、俊樹は三葉の目の中に亡き妻・二葉の面影と、宮水家に代々受け継がれてきた「彗星の災厄から町を守る巫女の宿命」を直視しました。三葉の必死の訴えを受け入れた俊樹が、町役場として正式に「非常避難訓練」を発令したことで、町民は奇跡的に校庭へと避難し、犠牲者ゼロという歴史の改変が成し遂げられたのです。
