「生ではなくハンバーグとしてしっかり焼いたから大丈夫」「シチューで長時間煮込んだから毒性が消えているはず」と考えるのは非常に危険な誤解です。
主成分であるミリスチシンの毒性は加熱処理によって消失しません。ミリスチシンは高沸点(沸点約276℃)の揮発性精油成分であり、一般的な調理温度(フライパンでの焼き調理180〜200℃、煮込み料理100℃前後)では分解も無毒化もされず、料理の中にそのまま残存します。
誤って瓶のフタが外れて大量にナツメグが鍋に入ってしまった場合、「もったいないからそのまま火を通せば平気だろう」と調理を続けて食べる行為は絶対に避けてください。多量に入ってしまった料理は口にせず、廃棄する勇気が必要です。