私立高校を選択する際、保護者にとって最大の関心事となるのが学費と奨学金制度です。九国大付属高校は、優秀な生徒を誘致するための充実した特待生制度（奨学生制度）を展開しています。
一般入試や推薦入試の成績優秀者を対象に、以下のような特待ランクが設けられています。
- S特待（学力・スポーツ）：入学金全額免除、授業料全額免除、施設費免除など実質的な無償化水準
- A特待：入学金免除、授業料半額〜全額相当の補助
- B特待：入学金の一部免除や月額補助
国の「就学支援金制度」や福岡県の私立高校学費助成事業と組み合わせることで、特待生に認定された場合は公立高校に通うのと同等、あるいはそれ以下の負担額で質の高い私立教育を受けることが可能です。「公立トップ校に合格する学力がある層があえて特待生として九国大付属高校へ進学する」という選択肢が北九州地域で定着している背景には、この手厚い経済支援があります。
