失言問題と並ぶもう一つの決定打が、リニア中央新幹線の南アルプストンネル工事を巡る泥沼の対立だ。東海旅客鉄道（JR東海）が国家プロジェクトとして推進するメガインフラ計画に対し、静岡県庁は「大井川の水資源保護」と「南アルプスの生態系保全」を盾に一歩も引かない姿勢を貫いた。
水資源を守るという大義名分自体は、県民の命綱を守る行政官として正当な主張であった。しかし、議論の過程で見せたゴールポストを動かし続けるような交渉姿勢や、専門家会議の結論に対する恣意的な解釈が、他県の住民や経済界から「単なる嫌がらせではないか」「国益を損ねている」という猛烈な反発を招いた。静岡県庁が中央省庁や隣県から孤立していくプロセスは、地方行政・自治体の交渉術としても極めて特異な航路をたどることになった。
