ネット上のまとめ記事やSNSでは、「クリムトの寵愛を受けて優雅な生涯を送った女性」として美化されがちなエミリーですが、彼女の後半生は20世紀初頭の激動のヨーロッパ史に翻弄された過酷なものでした。
クリムトが1918年に世を去った後も、エミリーはサロンを経営し続けました。しかし、1938年のナチス・ドイツによるオーストリア併合（アンシュルス）が決定的な打撃を与えます。サロンの顧客の大部分を占めていたのは、教養ある裕福なユダヤ人女性たちでした。ナチスの激しい迫害によって顧客たちが国外亡命を余儀なくされ、あるいは強制収容所へと送られたことで、誇り高きフローゲ姉妹のサロンは閉鎖へと追い込まれます。
さらに悲劇は重なりました。1945年、第二次世界大戦末期のウィーン空襲および戦闘の混乱の中、エミリーの自宅アパートが火災に見舞われます。この火災によって、彼女が長年大切に保管していたクリムトの貴重な素描コレクション、ウィーン工房の織物、そして自らがデザインした革新的な改良服の膨大なサンプルが灰燼に帰してしまいました。
今日、現存するエミリー関連の「写真資料」やアッター湖畔でのスナップショット（クリムトが撮影し、エミリーが自身のデザインしたドレスを着て佇む姿）が美術史上において極めて高価かつ神聖視されている理由は、現物の衣装の多くが戦火で失われ、フィルムと手紙だけが奇跡的に生き延びたからに他なりません。
失意と時代の激変を生き抜いたエミリーは、1952年7月2日、77歳でひっそりと息を引き取りました。死因は老衰および心不全と伝えられています。彼女の遺骨は現在、ウィーンのプロテスタント墓地（ツェントラルフリードホフ近郊のジムマーリング墓地）にあるフローゲ家の墓所に静かに眠っています。
