磯田道史氏の家族構成は、本人・妻・子どもの家庭です。子どものプライバシーも厳重に守られており、学校名や具体的な個人情報は公表されていませんが、磯田氏のエッセイや対談の中で、父親としての素顔が時折垣間見えます。
家庭内での教育においても、机の上の勉強にとどまらず「生きた歴史や自然に触れさせること」を大切にしている様子が窺えます。休日に史跡や寺社仏閣を訪れた際、当時の人々の暮らしや自然災害の教訓について分かりやすく語り聞かせるなど、歴史学者ならではのユニークで豊かな情操教育が行われています。歴史の面白さを誰よりも知る父親の背中を見て育つ子どもたちにとっても、刺激に満ちた家庭環境といえます。