ファンが最も注目する謎の一つが、「1969年に起きた兄によるつかさ殺害事件」の真相です。当時13歳だった普は、理科室の準備室でつかさを刃物で刺殺し、自らもその後命を絶ちました。花子くんが生前犯した「人を殺した罪」の被害者こそがつかさです。
普が実の弟を殺害するに至った決定的な理由は、作中でもいまだ多角的な考察がなされていますが、有力な要因として以下の点が挙げられます。
生前の普の体には日常的に激しい傷や痣が絶えず、土籠（つちごもり）をはじめとする教師陣も虐待を疑っていました。しかし、その傷を負わせていた張本人がつかさ（あるいはつかさに憑りついた怪異）であった可能性が極めて濃厚です。普は、自分を助けるために異形のものとなってしまった弟の異変に気づき、これ以上の暴走を止めるため、あるいは自分自身やつかさを呪縛から解放するために手を下したと考えられています。
