国営越後丘陵公園の最大の魅力の一つは、国営施設ならではの明朗かつリーズナブルな利用料金です。グリーンシーズン（4月〜11月）の入園料金は、大人（高校生以上）450円、シルバー（65歳以上）210円、中学生以下は無料に設定されています。2日通し券（大人500円）や年間パスポート（大人4,500円、シルバー2,100円）も用意されており、年に複数回訪れる近隣住民やリピーターにとって極めて利便性の高い設計となっています。
駐車料金は普通車が1日320円（大型車1,050円、二輪車100円）です。民間のテーマパークと比較しても極めて良心的ですが、さらにお得に利用するための割引制度や特定日が存在します。年間パスポートを提示することで駐車料金の免除特典が受けられるほか、春や秋には国が定める無料開放日（みどりの日、都市緑化推進運動期間など）が設定され、入園料なしで園内の景観やイベントを楽しむことができます。
特筆すべきは、12月から翌年3月にかけて設定される「ホワイトシーズン（冬期開園）」です。この期間は入園料および駐車料金が全日無料となり、雪国新潟ならではの広大なゲレンデや雪遊び広場を気軽に満喫できる特別なシーズンとして親しまれています。
