森友学園問題で最大の焦点となったのが、2015年11月に谷氏から森友学園理事長（当時）の籠池泰典氏へ送信された1本のファクシミリ（FAX）でした。
このFAXは、国有地売却および小学校新設に関する鑑定価格や賃料の減額について、籠池氏側からの要望を受け、谷氏が財務省国有財産業務課へ問い合わせた結果を回答した文書です。文面には「大変恐縮でございますが、国といたしましては現行ルールに則った対応しかできない旨」という趣旨の回答が記されていました。
しかし、文末に添えられた「本件は昭恵夫人にもすでに報告しております」という趣旨の文言が、財務省理財局側に強烈なプレッシャーを与えたと野党やメディアから厳しく批判されました。谷氏自身は「夫人からの指示ではなく、自身の判断による問い合わせ」と説明しましたが、「総理夫人の威光を背景にした実務照会」として、行政判断に影響を与えた疑いが持たれたのです。
