公立藤岡総合病院を受診する際、最も注意すべきなのは「本館（中栗須）」と「附属外来センター（藤岡）」の2拠点体制が敷かれている点です。一般的な外来診療の多くは附属外来センターで行われており、本館は主に入院・救急・高度専門医療を担っています。
基本となる公立藤岡総合病院の外来受付時間は、平日午前8時00分から11時00分まで（初診・紹介状なしの場合、または科によって受付終了時間が異なる場合あり）となっています。土曜・日曜・祝日および年末年始は原則休診です。
予約方法に関しては、かかりつけ医からの「事前診療予約（病診連携）」が推奨されています。紹介状を持参せずに初診で受診する場合、国が定める選定療養費（初診時非紹介加算：医科7,700円以上）が保険診療費とは別に請求されるため、近隣のクリニックで紹介状（診療情報提供書）を作成してもらうのが費用・時間双方の観点から合理的です。
再診患者向けには自動再診受付機や電話予約センターが稼働していますが、診療科によっては完全予約制を導入しているため、当日直接来院しても受診できないリスクがあります。受診前には必ず対象の藤岡総合病院の診療科目と担当医師の診療日割当表を確認しておく必要があります。
