本作を理解する上で整理しておきたいのが、構成と制作経緯です。『新世紀エヴァンゲリオン劇場版 Air/まごころを、君に』は、第25話「Air」と第26話（最終話）「まごころを、君に」の2部構成で描かれています。テレビシリーズ終盤の第25話・最終話がキャラクターの内面描写を中心に描かれたのに対し、この旧劇場版は「現実世界で実際に何が起きていたのか」を物理的・破滅的に描写した、もうひとつの完結編です。
前半の「Air」では戦略自衛隊によるNERV本部襲撃とエヴァンゲリオン量産機によるアスカ（弐号機）の無残な破壊が描かれ、後半の「まごころを、君に」ではサードインパクトの発動と人類補完計画のクライマックス、そして世界の崩壊と再生が描かれます。エヴァ旧劇場版のネタバレあらすじを追うだけでも、その圧倒的なカタストロフィと残酷な心理描写は、今なお観る者の神経を鋭く逆撫でします。
