車でアクセスする際に最も注意したいのが東横INN八王子の駐車場（予約・料金）のシステムです。敷地内には立体機械式駐車場が完備されており、宿泊者は1泊あたり約1,000円という駅前エリアとしては非常にリーズナブルな料金で利用可能です。
ただし、立体駐車場には車両サイズ（全高・全幅・車両重量など）の制限があり、ハイルーフ車や大型SUVなどは入庫できない場合があります。また、駐車台数には限りがあり、基本的には先着順（一部プランを除く）となるため、夕方以降のチェックインでは満車になってしまうケースも珍しくありません。
万が一敷地内が満車の場合や規格外車両の場合は、近隣の提携外コインパーキングを利用することになります。ホテル周辺の三崎町エリアにはコインパーキングが多数存在しますが、夜間最大料金の設定や入出庫条件が場所によって異なるため、事前に看板の料金体系を確認した上で駐車することをおすすめします。
