都心直結線のもうひとつの目玉だったのが、丸の内仲通り周辺または八重洲地下深くに設けられるはずだった「新東京駅構想」です。この新駅は単なる空港アクセス駅にとどまらず、つくばエクスプレス（TX）の秋葉原〜東京駅延伸計画と地下空間を共有・接続する構想が練られていました。
TXの東京駅延伸と都心直結線が一体化すれば、北関東・茨城方面から東京駅、さらには羽田・成田の両空港へ直通できる巨大な交通結節点が誕生するはずでした。
しかし、東京都が近年優先度を大きく引き上げたのは、東京駅〜銀座〜勝どき・有明方面を結ぶ「都心部・臨海地域地下鉄構想」です。臨海地下鉄とTX延伸の一体整備案が具体化する一方で、都心直結線の新東京駅計画は議論の主軸から外れており、地下空間の利用優先順位の面でも後退した形となっています。
