新宿高校の最大の強みは、2004年に都立普通科として初めて導入された「進学型単位制」の仕組みにあります。学年制のような留年リスクの不安を抑えつつ、生徒一人ひとりの進路希望に直結した科目選択ができるシステムが、近年の目覚ましい進学実績を支えています。
1・2年次では基礎学力を徹底的に固める共通履修を中心としながら、3年次には文系・理系・国公立・私立といった多様な志望校対策に特化した「大量の自由選択科目」が用意されます。志望校に不要な科目を削り、必要な受験科目に授業時間を集中投下できるため、難関国立大学や医学部、早慶上理を目指す現役生にとって極めて効率的な学習環境が整っています。
その結果、近年の都立新宿高校の進学実績は目覚ましく、東京大学・京都大学・一橋大学・東京工業大学（現・東京科学大）をはじめとする難関国立大への合格者をコンスタントに輩出。国公立大学全体では毎年100名超〜140名規模の合格者を誇ります。さらに早稲田大学・慶應義塾大学・上智大学・東京理科大学などの最難関私立大には延べ300名以上、GMARCH（明治・青山学院・立教・中央・法政）には600名超が合格するなど、圧倒的な現役合格率の高さを叩き出しています。
