特別支援学校を選ぶ際、日々の登下校負担は子どもの健康に直結する死活問題です。清瀬特別支援学校の通学区域は、清瀬市を中心に、東村山市、東久留米市、西東京市、小平市などの多摩北西部が主要エリアに指定されています。ただし、病弱教育部門に関しては居住地に関わらず受診病院の指定区域によって柔軟に判断されるケースがあり、管轄教育委員会との事前のすり合わせが不可欠です。
通学の足となるスクールバス運行は、複数ルートに分かれて毎朝夕運行されています。車椅子専用リフト付き大型車両が配備され、添乗員が安全を確保しながら主要駅や停留所を経由します。また、保護者の送迎や公共交通機関を利用したアクセス・行き方としては、西武池袋線「清瀬駅」南口から西武バスを利用して約10分、「看護大学前」または「東京病院前」バス停を下車して徒歩数分というロケーションです。緑豊かな医療モール地区に位置しており、通学路の歩道幅も広く安全性が確保されています。