「どんな理由で誠明学園に入所するのか」という点は、多くの方が関心を寄せる部分です。東京都立誠明学園の入所理由は、時代とともに大きく様変わりしています。
過去には、万引きや夜遊び、粗暴行為といった非行行動（触法・ぐ犯行為）が主な契機となっていましたが、現在は児童を取り巻く課題がより複雑化しています。具体的には、以下のような複合的な背景を持つ児童が多数を占めています。
第一に、深刻な虐待やネグレクトによる愛着障害を抱えたケースです。家庭内での適切な養育を受けられず、情緒面や行動面に激しい不安定さを抱えて児童相談所に保護され、家庭復帰や自立に向けた集中的なケアが必要と判断されて措置入所に至ります。
第二に、深刻な不登校や家庭内暴力です。発達特性や学校不適応から長期の引きこもり・暴言暴力に至り、一般の家庭や学校現場での対応が困難となった児童が、環境を変えて生活リズムを再構築するために入所する事例が目立ちます。
入所ルートとしては、児童相談所の所長による「児童福祉法に基づく行政措置」が中心ですが、家庭裁判所の審判による「少年法に基づく保護処分（児童自立支援施設送致）」によって入所するケースもあります。いずれの場合も、罰を与えるためではなく、「子どもの成長と環境調整を支援するための保護的な措置」として行われます。
