東福岡高校の受験難易度は、共学化前のイメージをそのまま当てはめると大きな誤算を生みます。現在展開されているコース体系は、学力伸長や進路目標に合わせて緻密に設計されており、東福岡高校 コース別偏差値のデータを見ると、コース間での学力層の棲み分けが明確になっています。
最上位に位置する「特進英数コース」は、九州大学をはじめとする難関国公立大学や難関私立大学の現役合格を照準に据えたカリキュラムを展開しており、東福岡高校 特進英数 偏差値は64〜66前後で推移しています。これは福岡大学附属大濠高校の特進や西南学院高校の一般合格層に迫る水準であり、市内私立トップ群の一角としての地位を固めつつあります。
国公立大・有名私大を目指す「特進コース」は偏差値58〜61、新時代のアクティブラーニングや総合型選抜入試に特化した「フロンティアコース」は偏差値53〜56、部活動と基礎学力を両立させる「進学コース」は偏差値48〜51が合格の目安です。中高一貫教育を担う東福岡自彊館中学校 偏差値（四谷大塚・日能研等の換算で48〜53）からの内部進学組とも刺激し合いながら、学校全体の学力アベレージは確実に底上げされています。
福岡県私立高校 偏差値ランキング全体で見ても、男子校時代の「スポーツ強豪の巨大進学校」という枠組みから脱却し、共学の総合進学校としてトップグループを追走するポジションへ鮮やかに移行しました。
