九州地方におけるツキノワグマの歴史は、人間活動による生息地圧迫の典型的な記録と言えます。かつては祖母・傾山系や九重山系、九州山地全域にツキノワグマが広く生息していました。しかし、明治以降の近代化に伴う山林開発、さらに戦後の拡大造林政策によるスギ・ヒノキ人工林の急増が採食環境を致命的に奪いました。
加えて、有害駆除や毛皮・胆嚢（熊胆）を目的とした過度な狩猟圧が加わり、1957年の大分県祖母山での捕獲例を最後に、確証のある生存個体は確認されなくなりました。1987年に射殺された個体もDNA鑑定によって大陸産または他地域からの持ち込み個体と判明し、環境省は2012年のレッドリスト改訂で九州のツキノワグマを「絶滅」と正式判定しました。
一方、四国山地のツキノワグマも危機的状況に瀕しています。徳島県と高知県にまたがる剣山山系を中心とする極めて限られたエリアにのみ生息が確認されていますが、環境省および日本クマネットワークの共同調査データによると、四国全体の生息数は推定わずか10〜20頭程度と試算されています。個体群の孤立化による遺伝的多様性の低下が進み、本州からの個体導入など抜本的な保護増殖策が講じられない限り、地域絶滅のカウントダウンが進んでいるのが実情です。
