ネット上のレシピでは「酢の殺菌力があるから何週間でも日持ちする」と過信されがちですが、ここには衛生学的な盲点が存在します。大根から染み出た水分によって調味液のpH（酸度）が上昇し、塩分濃度が低下すると、雑菌の繁殖リスクが高まります。
確実な日持ち（冷蔵で2〜3週間）を担保するためには、以下の安全管理が必須です。
1つ目は、保存容器の脱気と煮沸消毒です。ガラス瓶やホーロー容器を熱湯消毒し、アルコール（パストリーゼ等）で拭き上げます。2つ目は、大根が甘酢の液面から露出しない状態を保つことです。空気に触れる部分からカビや変色が発生するため、ラップを表面に密着させる「落とし蓋」の手法が効果を発揮します。
取り出す際は必ず清潔な乾いた箸を使用し、直箸を避けることが家庭内衛生の基本となります。
