村井氏の予測手法に対して、日本地震学会をはじめとする地球物理学者や地震学者たちからは、長年にわたり地震予知の科学的根拠に関する強い批判が寄せられています。
専門家が挙げる主な問題点は以下の3点に集約されます。
第一に、電子基準点の上下動データに含まれる「誤差（ノイズ）」の誤認問題です。GPSアンテナの保守交換、周辺樹木の成長、季節ごとの大気水蒸気量や電離層の乱れによって、地殻変動とは無関係な見かけ上の数値変化（数センチ単位）が生じることが知られています。学界からは「単なる測定誤差やノイズを地殻の異常隆起と解釈しているのではないか」との疑問が度々呈されてきました。
第二に、査読付きの主要な学術論文誌における理論的裏付けの不足です。査読プロセスを経た再現性のある論文発表よりも、一般向け書籍や週刊誌での速報的発信が先行している現状に対し、科学的アプローチとしての妥当性を問う声が根強く残っています。
第三に、偽陽性（空振り）と見逃しの検証不足です。「予測したのに大地震が起きなかった事例」や「予測エリア外で発生した直下型地震」に対する第三者機関による統計的検証が十分ではないとの指摘があります。
