『崖の上のポニョ』を語る上で避けて通れないのが、公開直後から囁かれ続けている「ポニョの都市伝説・死後の世界」という考察です。津波によって水没した町、水中で自由に呼吸し歩き回る老人たち、そして古代魚が泳ぐ幻想的な風景から、「登場人物全員がすでに命を落としているのではないか」「ポニョのリサ死亡説は本当なのか」という噂が広まりました。
驚くべきことに、この考察は単なるネット上のこじつけではありません。宮崎駿監督自身、公開当時のインタビューやNHKの密着ドキュメンタリー番組において、水没後の世界について「死後の世界（あの世）を描いた」という趣旨の発言を明言しています。
作中で描かれるいくつかの象徴的なシーンは、この宮崎駿監督による裏設定を如実に裏付けています。
水害の後、デイケアサービス「ひまわりの家」の車いす生活だったお年寄りたちは、水底のドーム状の空間で全員が立ち上がり、元気に走り回っています。さらに、宗介とポニョがポンポン船で出会う「大正時代風の衣装を着た赤ん坊連れの夫婦」は、明らかに現代の住人ではなく、異なる時代から迷い込んだ魂を思わせる描写となっています。また、宗介たちがくぐる暗いトンネルは、神話学における「黄泉平坂（よもつひらさか）」、すなわち生者の世界と死者の世界の境界線としての役割を果たしています。
ただし、宮崎監督が意図した死後の世界は、決して陰惨で恐ろしい地獄のような場所ではありません。監督は「死を不吉なものとしてではなく、苦痛から解放された穏やかで美しい世界として描きたかった」と語っています。リサが命を落としたという直接的な描写はなく、物語の終盤で描かれたあの幻想空間は、生と死、人間と自然の境界線が一時的に混ざり合った「神話的な異界」であったと解釈するのが最も的を射ています。
