現在でも「日本国内にCIA工作員が潜伏しているのか」という疑問は絶えません。安全保障の専門家によると、CIAは東京・赤坂の在日米国大使館や各米軍基地などを拠点に活動を展開しています。
工作員（ケースオフィサー）の多くは外交官や大使館員、民間企業のビジネスマンなどの身分（カバー）を偽装して日本に入国しています。彼らの主な目的は、日本政府の外交・通商交渉の手の内を探ることや、防衛技術、さらには日本を経由して中国・ロシア・北朝鮮へ流出する軍事転用技術・人的情報の監視です。
日本には長年、欧米諸国のような包括的「スパイ防止法」が存在しなかったため、他国の情報機関から見れば情報収集が極めて容易な国と見なされてきました。官僚や先端技術を扱う大手メーカーの研究員、防衛関係者が、知らぬ間にCIAや海外インテリジェンス機関のオフィサーと接触し、情報を引き出されている構図は現在進行形のリスクといえます。
