吹田市内に鎮座する伊射奈岐神社を語る上で避けて通れない最大の謎が、佐井寺に位置する神社と山田東に位置する神社の併存です。行政区としては同じ吹田市内にありながら、直線距離で約2.5キロメートル離れた地にそれぞれ威風堂々たる社殿を構えています。
古代文献や社伝の記録を辿ると、この2社は平安時代の法典『延喜式』神名帳（927年編纂）に記載された「島下郡 伊射奈岐神社二座」に比定される極めて格式の高い式内社です。古代の神祗行政において「二座」と記されている事実こそが、当初から二柱の神が一対として認識されていた決定的な証拠といえます。
伝承によれば、第21代雄略天皇の御代（5世紀後半）、伊勢神宮の斎宮であった倭姫命（やまとひめのみこと）への神託により、岡本豊足彦（おかもとのとよたりひこ）が伊勢の地からこの地に神霊を勧請したのが起源とされています。その際、国産みの祖神である夫婦神を別々の聖地に奉斎した理由について、宗教学・歴史学の観点からは「古代の陰陽思想に基づく土地の結界配置」であったと分析されています。
南に位置する佐井寺の地には夫神である「伊弉諾尊」、北に位置する山田東の地には妻神である「伊弉冉尊」をお祀りすることで、北（陰・地・水）と南（陽・天・火）の磁場を整え、三島平野一帯の農耕と民の安寧を守護する巨大な結界を形成していたのです。
