人生の節目に受けるご祈祷において、船橋大神宮は地域住民から絶大な信頼を寄せられています。厄年を迎えた際に行う「厄払い（厄除祈願）」の初穂料（ご祈祷料）は、5,000円から（5,000円、7,000円、10,000円以上など祈祷神札の大きさに応じる形式）が一般的な目安となっています。
赤ちゃんの誕生を祝う「お宮参り（初宮参り）」や、子どもの健やかな成長を願う「七五三」の祈祷も年中執り行われています。気になる予約システムですが、船橋大神宮では原則として個人のご祈祷に関する事前予約は不要で、当日に境内の祈祷受付所へ直接出向き申し込むシステムが基本となっています。
祈祷の受付時間は午前9時00分から午後3時30分〜4時00分頃まで随時受け付けており、到着順に殿内へ案内されます。ただし、七五三シーズンである10月下旬〜11月中旬の土日祝日や、大安の午前中などは混雑が集中し、待ち時間が発生することがあります。小さな子ども連れや高齢者と同行する場合は、混み合いやすい11時〜13時を避け、朝一番（9時台）の回を狙うと非常にスムーズです。
