ナルトの封印に続き、読者を震え上がらせたのがナルトの盟友・うちはサスケの安否です。第二部『BORUTO-ボルト- -TWO BLUE VORTEX-』の開幕時、サスケはボルトの傍らに姿がありませんでした。
物語の進行に伴い明らかになった事実は、サスケもまた死亡してはいないものの、意識を失い「神樹化（しんじゅか）」して封殺されているという非情な現実でした。
全能発動後の3年間、サスケは記憶の違和感を抱えながらも愛娘・サラダの言葉を信じ、脱走忍となったボルトを弟子として匿い鍛え上げました。しかし、コードが放った「爪アカ（神樹の分裂体）」の襲撃からボルトを身代わりとなって守った際、サスケは木に取り込まれ、意識不明の休眠状態に陥ってしまいます。
さらに恐るべきことに、サスケのチャクラと情報を吸収した神樹は、サスケの容姿・術（千鳥など）を色濃く受け継いだ人型自我生命体「ヒダリ」を生み出しました。ナルトに続いてサスケまでもが戦線離脱を余儀なくされたことで、木ノ葉隠れの里および忍界は、歴史上最大の防衛的空白期に直面しています。
