男子生徒の死後、学校と大津市教育委員会が取った初動は、遺族感情を逆なでする不誠実な対応の連続でした。事件直後に学校が実施した全校生徒対象のアンケート調査結果には、「いじめがあった」「先生も見ていた」「自殺の練習をさせられていた」という衝撃的な証言が100件以上も書き込まれていました。
しかし、市教委と学校側はこのアンケート結果の大部分を黒塗りにし、公表を拒否しました。「生徒のプライバシー保護」や「因果関係は不明」を口実に掲げ、いじめと自殺の直接的な因果関係を頑なに認めようとしない大津市教育委員会の隠蔽疑惑は、全国的なメディア報道によって白日の下にさらされます。
隠蔽に憤った遺族が被害届を提出したことで、2012年には警察が中学校や教育委員会へ異例の家宅捜索（強制捜査）を実施。行政機関である学校や教委に警察の強制捜査が入るという異例の事態は、学校側の自浄能力の欠如を世に決定づける象徴的な出来事となりました。
