東京農業大学の入試動向を俯瞰すると、学部・学科およびキャンパス間での難易度の階層構造が明確に見えてきます。大手予備校（河合塾・駿台等）の最新入試データによると、全学的な偏差値は40.0〜57.5のレンジに分布しており、共通テスト得点率は58%〜78%水準で推移しています。
なかでも突出した人気と難度を維持しているのが、本部が置かれる世田谷キャンパスの応用生物科学部です。伝統の醸造科学科や食品安全健康学科、農芸化学科は偏差値52.5〜57.5、共通テスト得点率も7割台後半を要求されるケースが多く、理系中堅上位校としての確固たるポジションを築いています。これに続く生命科学部や国際食料情報学部も、バイオテクノロジーの進展やアグリビジネスへの関心の高まりを背景に、実倍率が3.0〜4.5倍に達する激戦学科が目立ちます。
一方、神奈川県の厚木キャンパスに拠点を置く農学部は偏差値45.0〜50.0前後、北海道網走市のオホーツクキャンパス（生物産業学部）は40.0〜47.5前後と、立地条件や募集定員の関係から数値上は比較的エントリーしやすい水準に落ち着いています。ただし、オホーツクキャンパスの海洋水産学科や北方圏農学科のように、独自のフィールドワークを求めて全国から熱烈な志望者が集まる特化型学科も多く、単なる偏差値の高低だけでは測れない志望熱量の高さが特徴です。
