ホテルシーサイド島原の核心的価値といえるのが、地下深くから湧出する自家源泉の炭酸泉（二酸化炭素泉）です。日本国内の温泉地でも炭酸ガスが高濃度で溶け込んだ源泉は希少であり、九州屈指の名湯として専門家からも高く評価されています。
実際の入浴体験で特筆すべきは、浴槽に入って数十秒で全身にびっしりと微細な銀色の気泡が付着する現象です。炭酸泉は炭酸ガスが皮膚から吸収されることで毛細血管を拡張し、低温（37℃〜39℃前後）でありながら身体の芯まで驚くほど温まる血流促進効果をもたらします。長湯をしても身体への負担が少なく、湯上がり後の肌の引き締まり感や保温の持続力は他の泉質と一線を画します。
館内には炭酸泉浴槽のほか、有明海を一望できるパノラマ展望大浴場や開放的な露天風呂、スチームサウナ、水風呂が整備されています。また、プライベートな空間で温泉を満喫できる家族風呂（貸切露天風呂）も複数完備。小さな子ども連れのファミリーや人目を気にせずリフレッシュしたいカップルから平日・週末を問わず予約が殺到しています。
宿泊客だけでなく、地元住民やドライブ客向けに日帰り入浴（利用可能時間：朝6:00〜夜23:00頃、大人入浴料：500円〜700円前後）も積極的に受け入れており、島原半島のウェルネス拠点として地域に深く根付いています。
