物理無効という反則級の能力を誇るへどろまんですが、決して完全無欠ではありません。泥という性質上、明確なふたつの弱点が存在します。
ひとつ目は「大量の綺麗な水」です。作中では、みずうみひめが放つ清らかな水流や、滝の激流、あるいは大雨によってヘドロの粘度が薄まり、形を保てなくなって洗い流される場面が描かれます。汚染された泥水は、純粋な清流の浄化作用に抗うことができません。
ふたつ目は「強い熱と乾燥」です。太陽の強い光線や高熱を受けると、泥の水分が蒸発してカチカチに乾燥し、ひび割れて身動きが取れなくなります。弱体化した瞬間に新しい顔で復活したアンパンマンの反撃を受け、吹き飛ばされるのが王道の決着パターンです。