Mt.TAKAO号を利用するにあたって、まず押さえておきたいのが「下り（高尾山方面）」と「上り（新宿方面）」で停車駅の運用が大きく異なる点です。一般的な特急列車と違って特殊な乗降ルールが敷かれているため、事前の確認が欠かせません。
下り列車（新宿発・高尾山口行き）は、午前中に新宿駅を出発します。途中停車駅は明大前駅のみ（乗車専用）となっており、井の頭線沿線からの乗り換え客を拾った後は、調布や府中、高尾などの主要駅をすべて通過し、終点の高尾山口駅までノンストップで駆け抜けます。都心から高尾山の登山口まで途中下車なしで直行できる爽快感は、Mt.TAKAO号ならではの大きなアドバンテージです。
一方、登山客の帰宅時間帯に合わせて午後から夕方に運行される上り列車（高尾山口発・新宿行き）は、高尾山口駅を出発すると、府中駅・調布駅・明大前駅・新宿駅の順に停車します。上り便では高尾山口駅以外からの乗車はできず、途中の停車駅はすべて「降車専用」となります。京王線沿線や井の頭線沿線にお住まいの方も、最寄りエリアでスムーズに下車できるよう利便性が図られています。
