しかし、慶応3年（1867年）に入ると、二人の描く「維新のシナリオ」に微妙な温度差が生じ始めます。
第二次長州征討を退けた薩摩藩と長州藩は、武力によって徳川幕府を武力で打ち倒す「武力倒幕路線」へと傾斜していきました。西郷は武力衝突を不可避と捉え、薩土討幕の密約を結ぶなど軍備を整えていきます。
これに対し、龍馬は土佐藩の後藤象二郎らと共に、徳川慶喜自らが政権を朝廷に返上する「大政奉還」による無血の政権交代を模索しました。龍馬が起草したとされる「船中八策」には、平和裏に諸侯会同による議会制民主主義へ移行する構想が描かれていました。
慶応3年10月14日、慶喜が大政奉還を上奏したことで、西郷らが準備していた武力蜂起の口実は一時的に失われます。この路線の違いから「西郷が龍馬のスタンドプレーに苛立ちを募らせていた」とする見方も一部に存在しますが、龍馬自身は「もし幕府が約束を違えれば薩摩と共に立つ」という現実的な武力の後ろ盾も計算に入れており、両者の政治的連携が完全に決裂していたわけではありませんでした。
