もうひとつ頻繁に指摘されるのが、労働組合からの支援に関する疑惑です。特に名指しされることが多いのが、鉄道系労組である「全日本鉄道労働組合総連合会（JR総連）」や一部の左派系労働団体です。
実際の関係性を整理すると、れいわ新選組は連合（日本労働組合総連合会）のような巨大ナショナルセンターから包括的な推薦や組織的支援を受けているわけではありません。立憲民主党や国民民主党のように、連合幹部が党の基本方針や公認人事に影響力を行使する関係とは根本的に異なります。
ただし、選挙区によっては反緊縮政策や労働者の権利保護、反原発などの個別テーマで利害が一致した一部の単産労組や地方組織、JR総連などの組合員が個人的・勝手連的に街頭活動を支援した事例は存在します。山本太郎代表自身も「政策に賛同してくれる個人や団体からの応援は拒まない」というオープンなスタンスをとっており、これが「特定労組が影の支持母体である」という短絡的なラベリングにつながった側面が強いです。党の綱領や国会での採決行動を見ても、特定労組の意向に偏重した動きは見られず、独立した政策運営を維持しています。
