画面越しに誠実な人柄がにじみ出る藤井氏ですが、プライベートの家族関係についても関心が集まっています。藤井氏は2003年秋に一般女性と結婚しており、夫婦生活は20年を超えています。
ネット上では「妻の画像はあるのか」と検索されるケースが目立ちますが、配偶者は一般人であるため顔写真や詳細な個人情報は公表されていません。番組内やインタビューで時折語られるエピソードからは、多忙を極める夫の健康管理や精神面を長年陰ながら支え続けてきた良きパートナーであることがうかがえます。
また、夫婦の間には息子（長男）が誕生しています。一部メディアの報道や過去の発言から、子供の年齢はすでに成人間近、あるいは大学生前後の年齢に成長しているとみられます。家族のプライバシーを徹底して守り抜く姿勢もまた、藤井氏の誠実で堅実な生き方を象徴しています。
