「紙の領収書さえ会社に出せば、裏で切符をキャンセルしても分からないはずだ」という思い込みこそ、不正が即座に白日の下に晒される最大の要因だ。JR各社の窓口業務や券売機システムには、不正受給を未然に防ぐ厳重なフェイルセーフが組み込まれている。
まず、新幹線の領収書払い戻しがばれる理由として最も初歩的なのが、紙の切符と領収書の物理的な関係性である。JRの券売機や窓口で領収書を発行した場合、領収書の券面には購入日時、乗車区間、購入席種、さらには「クレジットカード決済」か「現金決済」かを示す決済種別コードが明記される。そして、実際に切符を窓口で払い戻す際、駅係員は切符だけでなく領収書の提出を強く求める。領収書を紛失したと主張して切符単体のみを払い戻そうとしても、JRのシステム上、切符には「払戻」のパンチ穴や電子処理データが記録され、同時にJRみどりの窓口 払い戻し証明書や取消レシートが発行される仕組みだ。
もし領収書を手元に残したまま切符を窓口で払い戻した場合、係員によって領収書の原本に赤色や黒色で新幹線 領収書 払戻スタンプ（「払戻済」「取消」など）が物理的に押印される。これを隠蔽するために領収書を提出しなかったり、スタンプ部分を切り取ったりすれば、その時点で経理担当者から偽造・改ざんを疑われる。また、「領収書を出し忘れて切符だけ払い戻し、後から領収書だけを会社に提出した」ケースであっても、JR各社が保持する販売管理データベースと社内突合が行われれば、その切符が実乗車されずにキャンセルされた事実はいとも簡単に特定される。
